Vie privée
De 1977 à 2004, Willem Dafoe a été en couple avec la réalisatrice Elizabeth LeCompte. Ils ont eu un fils, Jack, né en 1982
Le 25 mars 2005, il épouse l’actrice, réalisatrice et scénariste italienne Giada Colagrande, un an après leur rencontre à Rome lors de la première d’un de ses films. Le couple travaille ensemble sur certains films comme Avant d’avoir un nom et Une femme. Partageant également leur temps entre la ville de Rome, New York et Los Angeles, Willem Dafoe a opté pour la double nationalité italienne et américaine.